EKOLOGI KARIMUN JAWA

Kawasan Taman Nasional Karimunjawa merupakan perwakilan 5 tipe ekosistem, yaitu ekosistem terumbu karang, padang lamun dan rumput laut, mangrove, hutan pantai, serta hutan hujan tropis dataran rendah.
Ekosistem Mangrove
Berdasarkan data Kegiatan Inventarisasi dan Penyebaran Mangrove di Taman Nasional Karimunjawa tahun 2002 (Sunyoto dkk, 2002) ditemukan 45 spesies mangrove yang termasuk dalam 25 famili. Dalam kawasan pelestarian ditemukan 25 spesies mangrove sejati dari 13 famili dan 7 mangrove ikutan dari 7 famili. Sedang di luar kawasan ditemukan 5 spesies mangrove ikutan dari 5 famili berbeda. Hutan mangrove di kawasan Pulau Karimunjawa dan Kemujan didominasi jenis Exoccaria agallocha sedang jenis yang penyebarannya paling luas adalah Rhizopora stylosa. Di hutan mangrove juga terdapat satu jenis yang sudah langka di dunia yaitu Schipiphora hydrophilaceae.
Ekosistem Hutan Pantai
Vegetasi hutan pantai dicirikan oleh adanya Ketapang (Terminalia cattapa), Cemara Laut (Casuarina equisetifolia), Kelapa (Cocos nucifera), Jati Pasir (Scaerota frustescens), Setigi (Pemphis acidula) dan Waru Laut (Hibiscus tiliaceus).
Ekosistem Terumbu Karang
Ekosistem terumbu karang terdiri dari 3 tipe terumbu, yaitu terumbu karang pantai (fringing reef), penghalang (barrier reef) dan beberapa taka (patch reef). Lebih lanjut WCS menyebutkan bahwa penutupan karang di Kepulauan Karimunjawa berada pada kisaran buruk hingga baik (10-75%).
WCS (2003) dalam penelitiannya menyatakan bahwa ekosistem terumbu karang di Kepulauan Karimunjawa terdiri atas 64 genera karang dengan satu jenis karang yang hampir punah adalah karang musik/merah (Tubipora musica).
Ditemukan 318 spesies ikan karang dari 39 famili ikan di 44 lokasi pengamatan dengan jumlah spesies terbanyak terdapat di sebelah barat Pulau Cemara Besar. Spesies ikan karang yang paling banyak ditemukan di Kepulauan Karimunjawa adalah family Pomacentridae. Daerah Taka Mrican (Plectro point) diduga sebagai daerah pemijahan ikan kerapu dan napoleon dengan spesies target yang didominasi oleh Plectropomus areolatus, P. leopardus, dan P. oligocanthus.
Lebih lanjut dinyatakan bahwa ditemukan empat jenis kima selama survey dilaksanakan yaitu kima pasir (Hippopus hippopus), kima lubang (Tridacna crocea), kima besar (Tridacna maxima) dan kima sisik (Tridacna squamosa).dengan kelimpahan rata-rata sebesar 23 ind/100m². Kelimpahan tertinggi ditemukan di Pulau Pulau Seruni sebesar 248 ind/100m² dan kelimpahan terendah di Pulau Cemara Besar. Spesies yang sedikit dijumpai adalah Hipopus hipopus. Saat ini populasi kima yang berukuran besar sudah jarang ditemukan, sehigga perlu mendapat perhatian.
Di kepulauan Karimunjawa ditemukan 2 spesies penyu yaitu penyu Hijau (Chelonia mydas) dan Penyu Sisik (Eretmochelys imbricate). Sampai dengan tahun 2008 ditemukan 14.025 butir telur dan berhasil ditetaskan sebanyak 5.877 butir. Sedangkan tagging yang sudah dikeluarkan sebanyak 129 pasang. Diketahui bahwa Pulau Sintok merupakan salah satu tempat bertelur penyu yang paling potensial.
Sunyoto dkk (2008) menyatakan bahwa ditemukan 15 spesies kelas Holothuroidea di perairan Pulau Karimunjawa. Spesies yang paling banyak ditemukan adalah Holothuria atra dan Holothuria impatiens. Lebih lanjut Sunyoto (2008) menyatakan bahwa jenis teripang lebih banyak ditemukan di perairan pantai Pulau Geleang dibandingkan di perairan pulau Karimunjawa, dengan jumlah individu teripang terbanyak terdapat di habitat paparan pasir dan pertumbuhan algae.
Ekosistem Padang Lamun dan Rumput Laut
Penelitian menunjukkan bahwa terdapat 19 jenis makroalga di lokasi penelitian dengan jumlah terbesar Chlorophyta (Wahyuningtyas, 2000).
Padang lamun tersebar di seluruh perairan Taman Nasional Karimunjawa sampai kedalaman 25 m. Struktur komunitas padang lamun Pulau Karimunjawa tersusun atas 11 spesies diantaranya yaitu Cymodocea rotundata, Enhalus acoroides , Halodule uninervis, Halophila ovalis, Halophila minor, Syringodium isoetilium, Thalassia hemprichi, Thalassodensron ciliatum (Abidin dkk, 2005). Dengan persentase Penutupan dan frekwensi relatif cukup banyak terdapat pada Thalassia hemprichii, Cymodocea rotundata dan Halophila ovalis. (Abidin, 2005).
Ekosistem Hutan Hujan Tropis Dataran Rendah
Ekosistem hutan hujan tropis dataran rendah menempati ketinggian 0-506 m dpl di Pulau Karimunjawa. Berdasarkan hasil Eksplorasi Flora yang dilakukan oleh LIPI tahun 2003 (Djarwaningsih, dkk., 2003) ditemukan 124 spesies dan 5 genus flora di kawasan hutan hujan tropis dataran rendah Karimunjawa. Jenis pohon yang sering dijumpai adalah Jambon (Sizyqium spp), Sentul (Sandoricum koetjape), Ande-ande (Antidesma montanum), Berasan (Gomphia serrata), Gondorio (Bouea macrophylla). Termasuk di dalamnya keberadaan flora khas Karimunjawa yaitu Dewadaru (Fragrarea eliptica) dan Kalimosodo (Cordia subcordata) yang populasinya mulai menurun karena banyak digunakan sebagai bahan baku industri kerajinan oleh masyarakat. Dewadaru tidak ditemukan dalam kawasan konservasi kecuali tunggaknya, umumnya tumbuh di luar kawasan yaitu di daerah Alang-Alang, Ujung Gelam, Nyamplungan, dan Legon Nipah.
Jenis fauna darat yang umum dijumpai adalah Rusa (Cervus timorensis) dan Monyet Ekor Panjang (Macaca fascicularis karimondjawae). Terakhir Afendi 2008,menyatakan bahwa kelimpahan populasi monyet ekor panjang di hutan hujan tropis dataran rendah Pulau Karimunjawa adalah 267 ekor yang tersebar di seluruh wilayah hutan hujan tropis dataran rendah. Mogea dkk, 2003 menyebutkan terdapat 16 jenis reptilia dan 2 jenis amphibia di Taman Nasional Karimunjawa, diantara reptil terdapat jenis Ular Edor (Calloselasma rhodostoma).
Lebih lanjut Mogea dkk, 2003 menyatakan bahwa di Karimunjawa ditemukan 23 jenis kupu dari 8 famili. Jenis-jenis kupu endemik adalah Euploea crameri karimondjawaensis, Euploea sylvester karimondjawaensis dan Idea leuconoee karimondjawae.

(Euploea crameri karimondjawaensis)
Ditemukan sebanyak 8 jenis Capung sedang pada jenis Belalang dijumpai 6 jenis, famili Gryllidae ditemukan 3 jenis, Tetrigidae sebanyak 1 jenis.Ditemukan 54 spesies burung yang tergabung dalam 27 famili, 16 jenis diantaranya merupakan spesies yang dilindungi Undang-Undang. Berbagai jenis burung khas yang dapat dijumpai di Karimunjawa adalah Pergam Ketanjar (Ducula rosaceae), Trocokan (Picnonotus govier var.karimunjawa) dan Betet Karimunjawa

(Psitacula alexandri var.karimunjawa)